2013年10月23日成立的故宮研究院是以開放的學術胸襟、創新的機制接納國內外學術界熱心于故宮學術研究的人才，與院內的專家學者共同構建的高端學術研究平臺。故宮研究院成立后，將深入開展對明清宮廷文化和院藏文物、檔案的研究，組織實施國家和我院的重大科研課題項目，搭建兩岸故宮的科研合作平臺，在國內外積極開展博物館館際之間和與高等院校以及科研院所的學術合作與交流，不斷培植新生的學術力量，以此全面帶動學術研究、展覽和出版等工作的可持續發展，努力成為文博界學術研究的重鎮。
故宮研究院下設一室一站四所五中心，即研究室、博士后科研工作站、故宮學研究所、考古研究所、古文獻研究所、明清檔案研究所和《故宮博物院院刊》編輯部，并聯系故宮博物院的古書畫研究中心、古陶瓷研究中心、明清宮廷史研究中心、藏傳佛教文物研究中心、古建筑研究中心，在我院初步形成覆蓋全面、專業突出和梯次完備的學術團隊。